序列比对软件相关问答

1. Clustalx是多条序列比对软件,为什么需要设置两
答:举例: A、B、C三条序列比对。 其实就是 A和B比 A和C比 B和C比 同理n条多序列比对就是做nC2次两序列比对序列比对软件,因此多序列比对的本质就是多次两条序列比对,也就是某条序列和其余的各个序列都进行一次比对。那么参数的设置当然就是设置两条序列比对时
实验室菜鸟一枚,做的基因pcr后测序,用geneious软
问:用pairwise align对么?跪谢!!
答:比对结果简单的说是为了让两条或者多条不同长度序列通过一致性的比较,掐头去尾,使其变成具有可比性的多条序列。如上图,出现很多的空格,就是为了让两条序列有一致性,软件自动添加的。 比对之后下一步就是进行系统进化树绘制,使用mega等软件
有哪些软件能够做多位点序列比对MLSA
问:就是multilocus sequence序列比对软件 analysis 还有,多位点序列比对的计算方法是什么
答:是MLST吗?
多序列比对采用Clustal X软件不会使用?
答:它的输入文件要求是fasta格式的例如比较下面两个蛋白,首先写成下面的洋子,然后存成文本 文件保存即可: Q9LTB8 MGCFHSTAAREFPDHENPKLASETAFSSEEALYELFKSISSSDDGLINKEEFQLA LFKNRKKENLFANRIFDLFDKRKGIDFGDFRSLNFHPNASLEEKTDFTFRLYDMDC TGFIERQ
关于生物信息SNP分析软件BWA的使用
问:BWA与samtools皆已安装完毕序列比对软件,在linux系统中该如何使用?手头已有.fq文件
答:序列拼接:velvet,SOAPdenvoo,SSAKE,ABySS,Trinity 等 短序列比对: bwa,bowtie,tophat,SOAPAligner 等 局部比对:Blast,blat,CorssMatch 等 多序列全局比对:Muscle,clustalw 等 基因预测:Glimmer,GeneMark,Augustus,FgeneSH,SNAP,GeneScan,Eu
怎样导出MEGA比对好的序列?用MEGA软件比对好蛋白质
答:这个软件貌似不能导出彩图 不过用windows自带的抓图功能可以实现,或者使用其它抓图软件
我从网上NCBI上找到某个基因的MRNA序列,利用什么
答:在生物学中,mRNA是由ACGU组成的序列,而cDNA是指通过反转录酶获得DNA序列,其组成为ACGT。两者除了序列组成不同外,一序列比对软件个是正义链(5'-3'),一个是反义链(3'-5')。 根据约定,所有的序列都是按照5'-3'的方向书写,所以cDNA序列应该是mRNA序列的
怎么样用MEGA软件分析DNA序列
答:当查询到一系列需要比对的序列后,先用ClustalX软件进行序列校正,生成.aln文件。然后在MEGA软件功能下将.aln文件转换为.meg文件。即可对该文件进行系统树构建等操作了。
为什么Blast比对得到的相似度与MEGA3.1软件构建序
问:比如序列进行Blast比对之后,相似度为97%,但构建进化树时得到将近99%
答:如果你经过blast的比对和你做进化树所需序列比对软件要得到的结果是一样的,那就没有必要看是什么原因造成的了
从NCBI怎么调取已知酶的RNA序列 有什么软件对几种R
问:从NCBI怎么调取已知酶的RNA序列 有什么软件对几种RNA序列进行对比 最好
答:从NCBI怎么调取已知酶的RNA序列: 1:NCBI上一般是DNA或者cDNA,你可以先下载DNA,然后通过DNAstar中的EIDTseq转化为RNA. 2:可以通过上述RNA直接试试用BLAST检索到其他相关的RNA。 3:试用DNAstar中的ALIGN进行序列比对。
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