序列比对软件

有哪些软件能够做多位点序列比对MLSA
问:就是multilocus sequence序列比对软件 analysis 还有,多位点序列比对的计算方法是什么
答:clustalw www.ebi.ac.uk/clustalw/ 这个是最常用的,也是最权威的。
Clustalx是多条序列比对软件,为什么需要设置两条序
答:首先你要明白——Clustalx的多序列比对算法是基于双序列比对的,它先将所有序列两两比对,然后根据两两比对结果构建指导树,再根据指导树依次添加相似度最高的序列,直至全部序列都被加入。所以对双序列比对参数的设置是Clustalx进行多序列比对所
clustalw怎么使用啊(尤其是第二段序列放哪)?有
答:clustalw是那种命令行格式的吧?这种不容易用,还是换个windows版的吧,比如clustalX,或者在线比对也行,比如htt序列比对软件p://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/。 一般都是把几个序列做成一个文件或者贴到一个窗口,FASTA格式。
我从网上NCBI上找到某个基因的MRNA序列,利用什么
答:在生物学中,mRNA是由ACGU组成的序列,而cDNA是指通过反转录酶获得DNA序列,其组成为ACGT。两者除了序列组成不同外,一个是正义链(5'-3'),一个是反义链(3'-5')。 根据约定,所有的序列都是按照5'-3'的方向书写,所以cDNA序列应该是mRNA序列的
多序列比对采用Clustal X软件不会使用?
答:它的输入文件要求是fasta格式的例如比较下面两个蛋白,首先写成下面的洋子,然后存成文本 文件保存即可: Q9LTB8 MGCFHSTAAREFPDHENPKLASETAFSSEEALYELFKSISSSDDGLINKEEFQLA LFKNRKKENLFANRIFDLFDKRKGIDFGDFRSLNFHPNASLEEKTDFTFRLYDMDC TGFIERQ
怎样导出MEGA比对好的序列?用MEGA软件比对好蛋白质
答:这个软件貌似不能导出彩图 不过用win序列比对软件dows自带的抓图功能可以实现,或者使用其它抓图软件
关于生物信息SNP分析软件BWA的使用
问:BWA与samtools皆已安装完毕,在linux系统中该如何使用?手头已有.fq文件
答:序列拼接:velvet,SOAPdenvoo,SSAKE,ABySS,Trinity 等 短序列比对: bwa,bowtie,tophat,SOAPAligner 等 局部比对:Blast,blat,CorssMatch 等 多序列全局比对:Muscle,clustalw 等 基因预测:Glimmer,GeneMark,Augustus,FgeneSH,SNAP,GeneScan,Eu
在dos下运行一个序列比对软件提示memory allocated
答:序列比对软件指针越界了呗!
怎么样用MEGA软件分析DNA序列
答:当查询到一系列需要比对的序列后,先用ClustalX软件进行序列校正,生成.aln文件。然后在MEGA软件功能下将.aln文件转换为.meg文件。即可对该文件进行系统树构建等操作了。
实验室菜鸟一枚,做的基因pcr后测序,用geneious软
问:用pairwise align对么?跪谢!!
答:比对结果简单的说是为了让两条或者多条不同长度序列通过一致性的比较,掐头去尾,使其变成具有可比性的多条序列。如上序列比对软件图,出现很多的空格,就是为了让两条序列有一致性,软件自动添加的。 比对之后下一步就是进行系统进化树绘制,使用mega等软件
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